int Mid(int n1, int n2, int n3)
{
  if (n1 <= n2) {
    if (n2 <= n3) {
      return n2;
    } else if (n1 <= n3) {
      return n3;
    } else {
      return n1;
    }
  } else if (n1 <= n3){
    return n1;
  } else{
    return n3;
  }
}

    if (n1 <= n2) {
        if (n2 <= n3) {
            return n2;
        } 
        else {
            if (n1 <= n3) {
                return n3;
            } 
            else {
                return n1;
            }
        }
    } 
    else {
        if (n1 <= n3){
            return n1;
        }
        else{
            return n3;
        }
    }

> どこに問題があるのでしょうか？

関数で、n1 > n2 かつ n1 > n3 のとき、結果が n3 とは限りません。
マクロ化するとき、n1 <= n3 の結果を逆にしています。


関数なら、
int Mid(int a, int b, int c)
{
    if (a < b) {
        if (c < a) return a;
        if (b < c) return b;
        return c;
    } else {
        if (a < c) return a;
        if (c < b) return b;
        return c;
    }
}

マクロなら、
#define Mid(a, b, c) \
    ((a)<(b)?(c)<(a)?(a):(b)<(c)?(b):(c):(a)<(c)?(a):(c)<(b)?(b):(c))

次の 6とおりのテストをしてみること。
    Mid(1, 2, 3)
    Mid(1, 3, 2)
    Mid(2, 1, 3)
    Mid(2, 3, 1)
    Mid(3, 1, 2)
    Mid(3, 2, 1)

題名が不適切です。投稿者名の「中央値取得のマクロ化」を題名にすべきです。

#include <stdio.h>

#define max1(X, Y) (X > Y) ? X : Y 
#define max2(X,Y) (((X) > (Y)) ? (X) : (Y))

int main(void)
{
    printf("%d\n", 2 * max1(5, 10)); 
    printf("%d\n", 2 * max2(5, 10)); 

    return;
}