各要素が空白で区切られているなら、strtokで切り出し、atofでdoubleに変換。

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>

int main() {
    char input[] = "1.23 2.34 3.45 4.56 5.67";
    double result[5];
    int i = 0;
    char* p;
    for ( p = strtok(input," "); p; p = strtok(NULL," ") ) {
      result[i++] = atof(p);
    }
    for ( i = 0; i < 5; ++i ) {
      printf("%f\n", result[i]);
    }
    return 0;
}

for(i=0;i<nrows;i++){
    for(j=0;j<ncols;j++){
        fscanf(fp, "%lf&", &a[i][j]);
    }
}