#include <stdio.h>
#include <conio.h>

#define NINZU  5
#define KAMOKU 4

int  main( void )
{
    int bango[NINZU] = {1001,1002,1003,1004,1005};
    int tokuten[NINZU][KAMOKU]={
            { 85, 74, 63, 90},
            { 78, 65, 70, 62},
            { 89, 92, 88, 76},
            { 32, 48, 66, 25},
            { 92, 76, 81, 98}
    };
    double  ave[NINZU]={ 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0};
    char    hyouka[NINZU];
    int     i,j;

    printf("番号　 国語 数学　理科　 社会　  平均点　評価\n");

    for(i=0;i < NINZU;i++) {
        for(j=0;j < KAMOKU;j++) {//←KAMOKUをNINZUとミスタッチ
            ave[i] += tokuten[i][j];
        }
        ave[i] /= KAMOKU;

        //評価
        if ( ave[i] > 80.0){
            hyouka[i] = 'A';
        }
        else if (ave[i] > 70.0){
            hyouka[i]='B';
        }
        else if ( ave[i] > 60.0){
            hyouka[i]='C';
        }
        else
            hyouka[i]='D';
        
    }
    //表示
    for ( i=0;i < NINZU;i++) {
        printf("%4d  %4d %4d  %4d   %4d    %6.2f     %c\n",bango[ i ],
         tokuten[i][0],tokuten[i][1],tokuten[i][2],tokuten[i][3],ave[i],hyouka[i]);
    }
    printf("\n");
    puts("リターンキーを押してください。");
    getch();

    return 0;
}

for文の中にintの値を表示するprintf文かなんかをいれて
確認してみればわかると思いますが、

tokuten[ 0 ][ 4 ] == tokuten[ 1 ][ 0 ]

というような関係になっています。

ということは

tokuten[ 3 ][ 4 ] == tokuten[ 4 ][ 0 ]

となり、配列で宣言されていないところの値を持ってきています。
(普通はアクセスエラーになる)
よって、初期化していない値なので不定な値、今回はマイナスの値
が格納されていたため、結果的にaveがマイナスになったのでしょう。

> tokuten[ 3 ][ 4 ] == tokuten[ 4 ][ 0 ]
インデックスがメチャクチャずれてました。

tokuten[ 4 ][ 4 ] == tokuten[ 5 ][ 0 ]
でした。
# ぽこさんの投稿みてからきづき私って。。。orz

>今回は、たまたま負の値がメモリーに存在していたわけですが、
>ここで、メモリー自体を'￥0'か、0でイニシャライズできないものでしょうか?

管理していないメモリに対しては出来ません。(今回のようなケース)

例えば、

char buff[ 100 ];
memset( buff, '\0', sizeof( buff ) );

のように管理している領域に対しては、memset関数を使うことである値を設定できます。