#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

//出力カウンター
void count( int *i, int *j, FILE *fpo )
{
    fprintf( fpo, "%d%d:", *j, *i);
    if( *i == 9 ){
        if( *i == 9 && *j == 9){
            exit(1);
        }
        *j = *j + 1;
        *i = *i - 9;
    }else{
        *i = *i + 1;
    }
    return 0;
}

int main()
{
    FILE *fpin;        //ファイルポインタ
    FILE *fpo;
    char fnamein[64];  //ファイル名用配列
    char fnameo[64];   //ファイル名用配列
    char c;
    int i = 0;
    int j = 0;

//読み込みファイルオープン
    printf("読み込むファイル名を入力:");
    scanf( "%s", fnamein);
    if( ( fpin = fopen( fnamein,"r" ) ) == NULL ){
        fprintf( stderr, "\n %s はオープンできませんでした\n", fnamein);
        exit(1);
    }
//出力ファイルオープン    
    printf("出力するファイル名を入力:");
    scanf( "%s", fnameo);
    if( ( fpo = fopen( fnameo,"w" ) ) == NULL ){
        fprintf( stderr, "\n %s はオープンできませんでした\n", fnameo);
        exit(1);
    } 

//一文字づつ処理   
    while( ( c = getc( fpin ) ) != EOF ){
        if( c == ',' ){
            fprintf( fpo, "\n" );
            count( &i, &j, fpo);
            
            
        }else{
            putc( c, fpo );
        }
    }
    
    fclose(fpin);
    fclose(fpo);
    return 0;
    
}

カウンタの数値表示ですが、
fprintfの書式指定文字列(第二引数)を使えば、２桁の数値を出すことが可能です。

fprintf( fpout, "%02d:", n );

よって、99を超えたかどうかの判定だけでいいような気がします。

ファイル読み込みのところは、まきじさんがおっしゃっていますが、
簡明さをもとめるならば、fgets,strtokを使ったほうがいいです。

int count( int *cnt )
{   
    if( *cnt == 100 ){
        exit(1);
    }else{
        return ( *cnt + 1 ); 
    }
 
}

---------------------------------------------------------

while(fgets(str, 256, fpin ) != NULL ){
        count( &cnt );
        fprintf( fpo, "%02d:", count( &cnt ) );
        fputs( str, fpo );
    }

while (fgets( str, sizeof str, fpin )){
            for (p = strtok( str, "," ); 
             p != NULL; p = strtok( NULL, "," ) )
                printf( "%02d: %s\n", count( cnt ), p );
        }

//
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>

//
#define FILE_IN "test.dat"

//
int main( void )
{
    //
    FILE *fp = NULL;
    char buf[BUFSIZ] = "", *p;
    int i = 0;
    
    //
    if ((fp = fopen( FILE_IN, "r" )) == NULL)
        exit( 1 );
    
    //
    while (fgets( buf, sizeof buf, fp ))
        //
        for (p = strtok( buf, "," ); p != NULL; p = strtok( NULL, "," ))
            printf( "%2d: %s\n", i, p );
    
    //
    fclose( fp );
    
    return 0;
}

>        for (p = strtok( buf, "," ); p != NULL; p = strtok( NULL, "," ))
>            printf( "%2d: %s\n", i, p );
p = strtok( buf, "," );
while( p != NULL )
{
    printf( "%2d: %s\n", i, p );    // i=0のままだと思うのですが。。。
    p = strtok( NULL, "," );
}

ならわかりますか？

for文は

for (初期化式; 継続条件式; 再初期化式)
ですから、それから while文にしてみるとわかりやすいかと。

//出力カウンター
int count( int *cnt )
{   
    if( *cnt == 99 ){
        printf("出力件数:%02d\n", *cnt);
        exit(1);
    }else{
         return (*cnt = *cnt + 1); 
    }
 
}
------------------------------------------
while( fgets( str, 256, fpin) ){
        p = strtok( str, "," );      
        while( p != NULL )
        {
            printf( "%02d: %s\n", count(&cnt), p );
      p = strtok( NULL, "," );
        }
    }
    printf( "\n出力件数:%02d\n", count( &cnt )-1 );

        
return 0;
    
}

if(count(&cnt) < 100){
    printf( "%02d: %s\n", cnt, p );
    out_cnt = cnt;
}

struct{
   char a[100];
   char b[100];
   char c[100];
};

typedef struct{
    char name[30];
    int  yubin[7];
    char add1[16];
    char add2[100];
    char add3[100];
    char tel[14];
    char sex[1];
    int  age[3];
}CARD;

void shori( FILE *infp ){

    CARD mem[100];
    char str[256];
    char *p;
    int cnt = 0;

　　　　　while( fgets( str, 256, infp ) ){
        p = strtok( str, "," );      
        while( p != NULL )
        {
            printf( "%02d: %s\n", count(&cnt), p );
            p = mem->name;
            p = mem->yubin;
            p = mem->add1;
            p = mem->add2;
            p = mem->add3;
            p = mem->tel;
            p = mem->sex;
            p = mem->age;
            p = strtok( NULL, "," );
        }
    }
    printf( "\n出力件数:%02d  入力件数:%02d\n", count( &cnt )-2, count( &cnt )-1 ); 
    
    
    
    printf("名前: %s\n", mem -> name);
    printf("郵便: %s\n", mem -> yubin);
    printf("住所: %s%s%s\n", mem -> add1, mem -> add2, mem -> add3);
    printf("電話: %s\n", mem -> tel);
    printf("性別: %s\n", mem -> sex);
    printf("年齢: %s\n", mem -> age);
}