#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>

main()
{
    char data[] = {001,002,1003,1004,201};
    char str[15][10];
    char temp[15];
    int i,j,k=0;

    temp[0] = '\0';
    for(i=j=0; i&lt;strlen(data); i++){
        if(data[i] != ','){
            temp[j] == data[i];
        } else {
            if(temp[0] != '\0'){
                strncpy(str[k],temp,strlen(temp));
                k++;
                temp[0] = '\0';
                j = 0;
            }
        }
    }
    if(temp[0] != '\0'){
        strncpy(str[k],temp,strlen(temp));
        k++;
    }
}

char data[] = {001,002,1003,1004,201};
char 型は、-128〜127、あるいは 0〜255 までしか格納できません。
そのため、char型に1004は代入できません。
また、即値指定の場合、0で始まると8進数とみなされます。
001, 002は影響ありませんが、010は、10進数の10ではなく、10進数の8となります。

for(i=j=0; i<strlen(data); i++){
dataは'\0'で終了していないため、strlenは正しい値が取得できるか不明です。

ここまでで既にかなり勘違いがありそうなので、一旦終了します。

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>

main()
{
    //char data[] = {"001,002,1003,1004,201"};
    char data[] = {"001"};
    char str[15][10];
    char *pr;
    int  i,j,k=0;

    pr = strtok(data,"," );
    strcpy(str[k++],pr);
        while (pr != NULL) {
            pr = strtok(NULL,",") ;
            if (pr != NULL) {
                strcpy(str[k++],pr);
            }
        }

    for (i=0; i<k; i++){
        printf("[%s]\n",str[i]);
    }
}