んー、残念かなこのプログラムはforとwhileでまわしすぎですね。
あなたの考えた流れを少し細かくするとこうなります。

1.aにfpから読み込み
2.bにfp2から読み込み

3.aとbを比較小さいほうを出力
4.小さいほうを読み込み。読み込めれば3へ。読み込めなければ5へ（片方のファイルが終了）

5.残ったファイルの内容をfor文で最後まで出力

ここでforかwhileを使っているのは、3.4.で1つ、5.で1つですので2つあれば済むはずです。
また、入れ子にもなっていません。
もう一度プログラムの流れを考え直してみてはどうでしょうか？

また、読み込むときは
fgets(c,128,fp);
sscanf(c,"%d",&m);

とするか
fscanf(fp," %d",&m);
とすると楽かと思います。
今回は整数に変換するだけなのでatoiでもいいのですが。
（もしかしてプログラムで読み込んだ行の'\n'の削除をやっていますか？削除しなくてもatoiは動きますよ）

#include <fstream>    // ifstream, ofstream
#include <iterator>   // istream_iterator, ostream_iterator
#include <algorithm>  // merge

int main() {
  std::ifstream one("one.txt");
  std::ifstream two("two.txt");
  std::ofstream out("out.txt");
  std::merge(std::istream_iterator<int>(one),
             std::istream_iterator<int>(),
             std::istream_iterator<int>(two),
             std::istream_iterator<int>(),
             std::ostream_iterator<int>(out, "\n"));
  return 0;
}

#include <stdio.h>
int main(int argc, char ** argv)
{
    FILE * f1, * f2;
    int ret1, ret2, n1, n2;
    if (argc < 3) {
        return 1;
    }
    if ((f1 = fopen(argv[1], "r")) == NULL) {
        return 1;
    }
    if ((f2 = fopen(argv[2], "r")) == NULL) {
        fclose(f1);
        return 1;
    }
    ret1 = fscanf(f1, " %d", &n1);
    ret2 = fscanf(f2, " %d", &n2);
    while (ret1 == 1 || ret2 == 1) {
        while (ret1 == 1 && (n1 <= n2 || ret2 != 1)) {
            printf("n1\t%d\n", n1);
            ret1 = fscanf(f1, " %d", &n1);
        }
        while (ret2 == 1 && (n1 >= n2 || ret1 != 1)) {
            printf("n2\t%d\n", n2);
            ret2 = fscanf(f2, " %d", &n2);
        }
    }
    fclose(f1);
    fclose(f2);
    return 0;
}

>   ret1 = fscanf(f1, " %d", &n1);

    ret1 = fscanf(f1, "%d", &n1);

と書かないのはなぜですか？


>   while (ret1 == 1 && (n1 <= n2 || ret2 != 1)) {

    while (ret1 == 1 && (ret2 != 1 || n1 <= n2)) {

と書いたほうがいいと思いませんか？


> while の条件が難解になってしまった…

条件を簡単にすると、

#include <stdio.h>

int main(int argc, char *argv[])
{
    FILE *f1, *f2;  int r1, r2, n1, n2;

    if (argc != 3) return 1;
    f1 = fopen(argv[1], "r");
    f2 = fopen(argv[2], "r");
    if (!f1 || !f2) return 1;

    r1 = fscanf(f1, "%d", &n1);
    r2 = fscanf(f2, "%d", &n2);
    while (r1 == 1 && r2 == 1)
        if (n1 < n2) printf("%d\n", n1), r1 = fscanf(f1, "%d", &n1);
        else         printf("%d\n", n2), r2 = fscanf(f2, "%d", &n2);
    while (r1 == 1)  printf("%d\n", n1), r1 = fscanf(f1, "%d", &n1);
    while (r2 == 1)  printf("%d\n", n2), r2 = fscanf(f2, "%d", &n2);
    return 0;
}

>>   ret1 = fscanf(f1, " %d", &n1);
>
>    ret1 = fscanf(f1, "%d", &n1);
>
>と書かないのはなぜですか？

7.19.6.2 fscanf関数
(snip)
　空白類文字で構成される指令は，最初の非空白類文字の直前まで(この文字は読み取らずに残す。)，又
はそれ以上読み取ることができなくなるまで，入力読み取りを繰り返し実行する。
これを覚えていたのでスペースを入れていました。
しかし，
　変換指定が[，c又はn指定子のいずれをも含まない場合，(isspace関数で規定される)空白類文字を
読み飛ばす。
ともありますね。よって不要だったようです。調べる機会をありがとうございます。


>>   while (ret1 == 1 && (n1 <= n2 || ret2 != 1)) {
>
>    while (ret1 == 1 && (ret2 != 1 || n1 <= n2)) {
>
>と書いたほうがいいと思いませんか？

なぜ，そう聞かれたのか結構悩みました。効率だろうかと考えていましたが，違いますね。
f2 を読んだとき最初から EOF だった場合に不定値の n2 を比較することになってしまいます。
バグでした。
もう一個の while も同じですね。


>条件を簡単にすると、

なるほど…。シンプルだ。
かずまさんのコードはいつも勉強になります。ありがとうございました。

最後に修正版ソース:
    ret1 = fscanf(f1, "%d", &n1);
    ret2 = fscanf(f2, "%d", &n2);
    while (ret1 == 1 || ret2 == 1) {
        while (ret1 == 1 && (ret2 != 1 || n1 <= n2)) {
            printf("n1\t%d\n", n1);
            ret1 = fscanf(f1, "%d", &n1);
        }
        while (ret2 == 1 && (ret1 != 1 || n1 >= n2)) {
            printf("n2\t%d\n", n2);
            ret2 = fscanf(f2, "%d", &n2);
        }
    }

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

int main()
{
    FILE *fp,*fp2;
    char c[128],e[128];
    int a,b;
    fp=fopen("a.txt","r");
    fp2=fopen("b.txt","r");
    fgets(c,128,fp);
    fgets(e,128,fp2);
    sscanf(c,"%d",&a);
    sscanf(e,"%d",&b);
    while(fgets(c,128,fp)!=NULL || fgets(e,128,fp2)!=NULL){
        while(fgets(c,128,fp)!=NULL && (fgets(e,128,fp2)==NULL || a<=b)){
        printf("%d\n",a);
        fgets(c,128,fp);
        sscanf(c,"%d",&a);
        }
        while(fgets(e,128,fp2)!=NULL && (fgets(c,128,fp)==NULL || a>=b)){
        printf("%d\n",b);
        fgets(e,128,fp2);
        sscanf(e,"%d",&b);
        }
    }
    fclose(fp);
    fclose(fp2);
    return 0;
}

>プログラムを真似てfgetsで作ってみたんですがうまく実行されません。

どのようにうまく実行されないかを説明すべきです。

>fgetsとsscanfの考え方がおかしいんですかね？

そのように推測できたのであれば、これらの関数の使い方や動作について調
べたり試したりすれば、自ら解決できるはずです。

さっとみたところ、「fgets関数を呼び出しがファイルポインタの位置を進
める」ということを理解されていないためのミスだと思われます。
次のプログラムの動作を調べてみて下さい。

// exam.
#include <stdio.h>
#define SIZE 256

void case_a( FILE* fp )
{
    char buff[SIZE];
    char* ret ;

    printf( "Case A ======\n" );
    ret = fgets( buff, SIZE, fp );
    while( ret != NULL ){
        if( ret != NULL ){
            printf( "%s", buff );
            ret = fgets( buff, SIZE, fp );
        }
    }
}

void case_b( FILE* fp )
{
    char buff[SIZE];

    printf( "Case B ======\n" );
    while( fgets( buff, SIZE, fp ) != NULL ){
        if( fgets( buff, SIZE, fp ) != NULL ){
            printf( "%s", buff );
        }
    }
}

int main( void )
{
    FILE* fp;

    fp = fopen( "a.txt", "r" );
    if( fp == NULL ){
        return 1;
    }
    case_a( fp );

    if( fseek( fp, 0, SEEK_SET ) != 0 ){
        return 1;
    }
    case_b( fp );

    return 0;
}

似てはいますが、違います。
ファイルに

"123\n456\n"

という文字列があったとき
fgets(str,256,fp)+sscanf(str,"%d",&a)だと
fgetsでは"123\n"まで読み込まれsscanfでaに123という数値に変換されます。
ファイルに残った文字は"456\n"です。

fscanf(fp,"%d",&a)だと
"123"まで読み込まれaに123という数値に変換されます。
ファイルに残った文字は"\n456\n"です。

残った\nが
http://www9.plala.or.jp/sgwr-t/c/sec05.html#s5-4
↑の「（２）改行文字が残る」ように悪さをするときがあるので、注意が必要です。

また、

"abc\n456\n"

という文字列に同様の操作をかけたときは
sscanfとfscanfでは数値への変換に失敗します。変換に失敗するとファイルポインタが進まないので
残る文字列はそれぞれ

fgets+sscanf="456\n"

fscanf="abc\n456\n"

になります。
もしfscanfをファイルが終了するまでwhileで回していたときは「ずっとファイルポインタが進まない=無限ループ」になるので注意が必要です。

常に正しい入力のときはfscanfで、
なにを入力されるかわからないときはfgets+sscanf
にしたほうが安全です。